La estructura de poder en los insurgentes es profundamente irregular. Mientras el líder de la organización, el mulá Haibatulá Ajundzada, es el principal responsable de proclamar los edictos fundamentalistas, figuras prominentes como Mohamed Yaqub, jefe militar de la organización e hijo de su antiguo líder, el mulá Omar, apuestan por cierta liberalización y una solución negociada, según el experto del Instituto Real de Servicios Unidos de Londres, Antonio Giustozzi.
Sin una visión conjunta de futuro, repartidos en tantas comunidades con intereses particulares, y en medio de fricciones internas, la conquista talibán de la capital no supondría la restauración del antiguo Emirato Islámico sino el principio de una nueva y terrorífica fase del conflicto: el estallido de una guerra civil a gran escala en todo el país.