Las discrepancias sobre el conflicto del Sáhara Occidental, la reivindicación de Ceuta y Melilla, el tráfico de pateras por el Estrecho o las negociaciones de pesca han llevado periódicamente a episodios de tensión entre Marruecos y España, que en la mayoría de los casos se han podido reconducir en beneficio del interés común.
Durante la década de los noventa, la pesca y la reclamación marroquí de Ceuta y Melilla generaron diversas crisis diplomáticas, aunque la amistad entre el Rey Juan Carlos y el monarca Hasán II contribuyó a encontrar salidas. La llegada al trono de Mohamed VI en 1999 por el fallecimiento de su padre dio pie a nuevas vicisitudes.
La protesta por la posición del Gobierno de José María Aznar en el contencioso saharaui llevó aparejada la retirada temporal del embajador marroquí en octubre del 2001, que se prolongó durante año y medio. La invasión marroquí del islote de Perejil fue el punto de mayor tensión de este período, resuelto con la intervención militar ordenada por Aznar en julio del 2002, con la que se puso fin a la ocupación. La reconciliación llegó en enero del 2003 con la vuelta del embajador, que abrió un paréntesis de calma en la secuencia de enfrentamientos entre ambos países.
El cambio de Zapatero
La llegada al poder de Zapatero en el 2004 intensificó la colaboración en ámbitos como la inmigración ilegal, las inversiones económicas y la lucha contra el terrorismo y el narcotráfico, que duró un trienio. La primera visita de los Reyes a Ceuta y Melilla, en noviembre del 2007, atormentó de nuevo al reino alauí, que volvió a llamar a consultas a su embajador durante dos meses.
El Ejecutivo de Zapatero sentó entonces las bases de su doctrina ante cualquier crisis diplomática con el país magrebí: anteponer el interés común a los gestos de dureza y a cualquier encontronazo con Mohamed VI para no poner en riesgo la cooperación. Pero esa buena voluntad no ha sido suficiente. Los incidentes en la frontera de Melilla, en verano, que obligaron incluso a la intervención directa de don Juan Carlos, y el desalojo del campamento de El Aaiún, el 8 de noviembre, han generado nuevos conflictos.