Microbiología secuenciarán todas las muestras para controlar las variantes
17 oct 2021 . Actualizado a las 05:00 h.Ahora que la incidencia del coronavirus está en niveles mínimos, y bajando, y que la vacunación está en niveles máximos, y subiendo, ha llegado la hora de vigilar al virus más que nunca. Es el reto al que se enfrentan los microbiólogos en esta fase, ya casi poscovid. «Hemos diseñado todo el proceso de vigilancia para ver qué variantes están en circulación, con el fin de detectarlas con tiempo para tomar medidas», dice el jefe de servicio de microbiología del área sanitaria de Vigo, Benito Regueiro. Actualmente, la variante delta, identificada por primera vez en la India, constituye casi el 100 % de los casos, pero van apareciendo otras. Y no se puede descartar que pueda surgir una variante del coronavirus que pueda reducir la respuesta de las vacunas.
La presencia del virus en una muestra se diagnostica con una PCR, pero para conocer a qué variante pertenece hay que obtener todo el código genético del coronavirus y compararlo con el original, para saber qué mutaciones tiene. Es una secuencia que se representa con 30.000 letras. Descifrarlo es un proceso complejo, con muchas fases y que necesita de técnicos especializados, maquinaria y herramientas informáticas. Se tardan varios días en secuenciar una muestra; por eso, se juntan varias para hacer el proceso al mismo tiempo.
«Queremos secuenciar todo lo que dé positivo», dice el jefe de servicio. Esto es un reto mayúsculo. A principios de enero, el Ministerio de Sanidad llamó a los hospitales a secuenciar muestras para averiguar qué tipo de virus circulaba. Pidió a los hospitales que lo hiciesen con el 5 % de los positivos de forma aleatoria, pero era inasumible: no había capacidad y además estaba creciendo la tercera ola, que ha sido la más letal. Además, se secuenciaban casos especiales: un brote explosivo, la sospecha de una variante... Pero no se hacía con todas las muestras.
Ahora hay muy pocos casos -una media de cinco positivos al día-, hay más capacidad para secuenciar y hay una importante necesidad de controlar las variantes, porque esa será la manera de controlar la epidemia.
«Hemos ampliado nuestra capacidad», asegura Regueiro. A principios de año podían hacer cerca de un centenar de secuencias en una semana; ahora tienen nueva maquinaria en el Meixoeiro para llegar a las 300. Además, el proceso se ha ido puliendo y los microbiólogos son capaces de obtener todo el ARN en muestras con menos cantidad de virus. Incluso con las muestras de saliva que se recogen de forma gratuita en las oficinas de farmacia.
«El virus ha venido para quedarse», dice Benito Regueiro, que es catedrático en la Universidad de Santiago, «y puede provocar alguna nueva ola». Su diagnóstico es que las variantes del SARS-CoV-2 que han circulado hasta ahora son «variantes de confinamiento». El mundo ha tomado medidas para contener el virus y este ha mutado; las mutaciones que se han extendido son las que permiten al patógeno contagiar más y, por tanto, saltarse los confinamientos. «Con más de un 80 % de la población vacunada en nuestro país, lo que puede surgir es una variante de escape vacunal», dice. Eso no quiere decir que las inyecciones pierdan toda su efectividad, pero algunas mutaciones sí podrían reducirla. Por eso hay que vigilar: para tomar decisiones si esas variantes aparecen.
El servicio de microbiología se rediseña
Mientras la vigilancia del covid se hace imprescindible, el servicio de microbiología ha empezado a rediseñarse. Todo apunta a que ha pasado a la historia esa etapa en la que se llegaron a hacer más de 3.000 PCR al día. Ahora ya no hay cribados masivos y, como hay menos contagios y más vacunados, también hay menos contactos de infectados a los que hacer test. Se están haciendo una media de 350 pruebas por jornada. «Estamos redefiniendo el servicio», dice el jefe, «aprovechando todo el material extra que conseguimos con el covid y equipamientos que derivamos a esto, para dedicarlo ahora a otras cosas». Lo compara con un acordeón, que se podría abrir si viniese otra ola epidémica.
Por ejemplo, la secuenciación masiva podrá utilizarse para otros virus respiratorios o para la microbiota. También se van a dedicar más equipamientos a infecciones gastrointestinales. Quieren mejorar los tiempos de respuesta en técnicas para analizar multirresistencias en bacterias que se tratan con antibióticos. Aunque con el acordeón siempre en guardia.