La consejera de Justicia de la Generalitat, Ester Capella, afirmó que el objetivo de los independentistas es conseguir una ley de amnistía en la mesa de negociación que pondrá en marcha este mes el Gobierno central y el Ejecutivo catalán. Esta medida traería consigo la extinción por completo de la pena y todos sus efectos, y para los procesados fugados como Puigdemont y Comín el sobreseimiento libre de las actuaciones que equivale, como cosa juzgada, a una sentencia absolutoria firme, es decir: que a diferencia del indulto, si se acude a la amnistía quedarían libres con, por así decirlo, todos los pronunciamientos favorables. Con relación a esta figura de la amnistía existen dos corrientes diferenciadas. Quienes defienden la pervivencia en nuestro derecho de la amnistía argumentan que si, de acuerdo con el ordenamiento vigente, el legislador puede promulgar leyes que suprimen para el futuro la punibilidad de determinadas conductas (como lo hizo como el adulterio), que, por tanto, tienen también el efecto retroactivo de suprimir la punibilidad de todos los adulterios cometidos en el pasado, con el mismo. O incluso, con mayor motivo, al legislador le tiene que estar permitido anular la punibilidad (amnistiar) de delitos pasados. Los partidarios de esta teoría sostienen que es razonable pensar que quien puede hacer «lo más» (modificar o suprimir los tipos penales) también puede «lo menos», como sería «desactivarlos» en casos excepcionales. La excepcionalidad sería política y el órgano encargado de apreciarla sería, lógicamente, el Parlamento.
Incluso en el caso de una ley de amnistía, esta no podría alcanzar a todo tipo de delitos, en particular a aquellos delitos respecto a los que rige el principio de justicia universal, o a aquellos delitos que no pueden prescribir, como ocurre con el delito de genocidio. En cambio, no habría inconveniente en que la amnistía alcance a cualesquiera otros delitos tipificados en el Código Penal, como el delito de sedición o el de rebelión.
Los autores contrarios a esta tesis sostienen que cuando una ley despenaliza conductas delictivas, el legislador, de acuerdo con una nueva escala de valores, decide suprimir para siempre determinados tipos penales, también con carácter retroactivo, considerando que esos comportamientos nunca debieron ser constitutivos de delitos, tal como ocurrió en nuestro país con el delito de asociación indebida, o el delito de adulterio. Personalmente considero que la amnistía es inconstitucional, basándome en que el artículo 62 de nuestra Carta Magna regula el derecho de gracia (indulto), pero no menciona para nada la amnistía, de lo que se deduce que esta figura ha quedado fuera de la Constitución. Y a mayor abundamiento, si incluso en referencia al más restrictivo indulto, dicho precepto introduce limitaciones (prohibición de indultos generales), con mayor motivo tendría que haberlas establecido para la amnistía que constituye una medida de gracia más generosa. La posibilidad de promulgar leyes de amnistía exigiría una autorización expresa del derecho vigente, la cual no existe.
Es deseable que este problema sea resuelto a la mayor brevedad posible por nuestro Tribunal Constitucional, el cual todavía no se ha pronunciado sobre la amnistía penal, en cambio sí declaró inconstitucional por unanimidad la amnistía fiscal.