Tras colgar las botas (esas que un día se quitó enfadado en el césped cuando fue sustituido en Riazor), José Luis Vara emprendió una trayectoria como técnico.
Su inicio en los banquillos data de la temporada 1995-1996, cuando fichó por el Ordes, equipo en el que estuvo dos campañas. También dirigió a varios conjuntos del área coruñesa y carballesa, como Malpica, Atlético Arteixo, Bergantiños, Laracha y Cerceda, al que entrenó hasta el pasado 11 de junio, cuando renunció por los motivos de salud que le han causado la muerte.
La categoría más importante en la que ejerció como técnico fue precisamente en la que hizo historia como el Deportivo, la Segunda División. Un semidesahuciado Racing de Ferrol lo reclutó a falta de nueve jornadas para el final de la temporada 2005-2006 con el objetivo de evitar el descenso, pero no pudo ser.
José Luis Vara deja viuda y dos hijos varones. Su mujer, sus vástagos y sus padres recibieron ayer las condolencias de numerosos deportivistas históricos, así como de jugadores, técnicos y dirigentes de todos los equipos a los que entrenó.