El Ministerio de Educación ha reconocido con Mención de Excelencia a 16 de los programas de doctorado que ofrece la USC, por lo que se mantiene líder en Galicia en este ámbito; y 12 más consiguieron la evaluación positiva de la Agencia de Evaluación de la Calidad y Acreditación (Aneca).
Se reconocen de excelencia los de Acuicultura; Avances en bioloxía microbiana e parasitaria; Ciencia de materiais; Ciencia e tecnoloxía química; Endocrinoloxía; Enxeñaría para o desenvolvemento rural; Enxañaría Química e Ambiental; Estatística e investigación operativa; Estudos ingleses; Física nuclear e de partículas; Historia contemporánea; Innovación en seguridade e tecnoloxía alimentarias; investigación agraria e forestal; Investigación de medicamentos; tecnoloxía da información; y Métodos matemáticos e simulación numérica en enxeñaría e ciencias aplicadas.