La remodelación de los tres edificios que componen el conjunto de San Francisco, la biblioteca, el archivo y el convento con su claustro, fue impulsada en 1999 en un protocolo firmado por Manuel Cabezas como alcalde y mariano Rajoy como titular del Ministerio de Cultura. La intervención fue presupuestada en cerca de cinco mil millones de pesetas y se formalizó en un convenio al año siguiente, en el que, entre otras cláusulas se establecía que si en cinco años no se finalizaba la obra podría revertir la cesión del terreno e inmuebles en el ayuntamiento.
La obra se adjudicó aquel mismo año a una empresa, Construcciones de Castilla que, según los datos que maneja el BNG, realizaba frecuentes trabajos para el gobierno Central. Cuando llegó en 2004 el PSOE llegó al poder revisó la obra y tras comprobar que tan sólo se había ejecutado el 80% de las obras del archivo y la biblioteca y que no se habían iniciado las del tercer edificio decidió rescindir el contrato y adjudicarla a otra firma.
Sin embargo la primera adjudicataria recurrió judicialmente esa rescisión y todavía no hay resolución dictada, aunque el contencioso judicial trajo como consecuencia que las obras quedasen paralizadas. Para los nacionalistas el problema radica en una guerra entre el PP y el PSOE por querer entregar tan suculento pastel a empresas «afíns» a las siglas de ambos partidos.