El Ministerio de Defensa llevó a cabo una investigación interna para aclarar la denuncia que hizo el extesorero del PP Luis Bárcenas ante el juez de la Audiencia Nacional Pablo Ruz, que acusó al exministro Trillo de pagar con dinero de la supuesta caja B del PP a los abogados de los militares imputados por el accidente del Yak-42, ocurrido en mayo del 2004 y en el que fallecieron 62 soldados que regresaban de Afganistán.
Fuentes del ministerio señalaron que una vez concluidas las pesquisas confirmaron que lejos de que Trillo pagase las defensas de los militares fueron estos los que lo hicieron. Incluso algunos llegaron a enviar una carta al departamento dirigido por Pedro Morenés para reclamar a Defensa el reintegro de las minutas tras archivarse la causa de la contratación en la Audiencia Nacional, en mayo del 2012.
Desde Defensa consideran que la acusación de Bárcenas «no es cierta» y que la mejor prueba es el malestar de los siete oficiales que estuvieron imputados en este proceso, que tuvieron que pagar a sus abogados. Ahora el ministerio trata de averiguar si hay base legal para devolverles el dinero tras quedar libres sin cargos. En este grupo no se incluye el general médico ya fallecido, el capitán y el comandante tras las condenas confirmadas por el Supremo por las erróneas filiaciones de los restos de 30 de los 62 fallecidos.
Familiares de las víctimas mostraron su enfado tras filtrarse esta acusación de Bárcenas contra Trillo, y pidieron al PP que aclarara este extremo ya que, de ser cierto, sería «una nueva afrenta» para este colectivo .