Según los informes, en sus cuatro primeros años de vida Noos no tuvo actividad destacable. El bum llegó en el 2003, cuando el ya yerno de don Juan Carlos entró como administrador. Urdangarín se convirtió en presidente en noviembre del 2004, puesto que ocupó hasta junio del 2006. Fue precisamente en ese período cuando se produjeron las principales supuestas irregularidades en Noos, en particular los contratos por 2,3 millones de euros con el Gobierno balear para celebrar unas conferencias, «réplica exacta» de Valencia Summit, reuniones internacionales de expertos en gestión de acontecimientos deportivos contratadas con el Gobierno de Camps, por las que Noos se embolsó más de 1,3 millones.
La Policía Judicial ya reclamó a la Generalitat valenciana copia de esos contratos y de otros convenios con Noos por tres millones para la promoción de los Juegos Europeos. En principio, no se investiga a la Generalitat sino el manejo que del dinero hizo la fundación, que al parecer usó facturas de Valencia por 90.000 euros para cuadrar las desproporcionadas minutas pasadas al Gobierno de Matas. Unos «presupuestos ficticios que se realizaron sin analizar coste alguno», según Anticorrupción.
Si el juez y la policía hilan fino con Urdangarín, más aún en la pesquisa sobre el dinero supuestamente desviado desde Noos a Aizoon S.L. Según la investigación, al menos 116.000 euros de los 2,3 millones recibidos de Baleares acabaron en esta sociedad en concepto de gestión logística por los congresos antes incluso de que se realizaran. Urdangarín preside Aizoon, mientras que la infanta Cristina es la secretaria del consejo de dirección.