1. La sentencia avala la instrucción efectuada por el juez Juan del Olmo y las investigaciones policiales sobre el atentado.
2. También rechaza la la teoría de la conspiración que apuntaba a la implicación de ETA en los atentados. Ninguna de las pruebas solicitadas «avala la tesis alternativa» de la banda terrorista vasca.
3. El tribunal asegura que no se rompió la cadena de custodia de la furgoneta Renault Kangoo localizada en Alcalá de Henares y de la mochila que contenía un artefacto explosivo sacada de los restos de los trenes.
4. En cuanto a la procedencia de los explosivos, el tribunal considera probado que proceden de Asturias. Tanto los que estallaron en los trenes el 11-M y como los que emplearon los suicidas de Leganés procedía de Mina Conchita.
5. La Audiencia ha fijado indemnizaciones de entre 30.000 euros y un millón y medio de euros para las víctimas directas e indirectas de los atentados. Por el momento no ha hecho mención acerca de las que percibirán los familiares de los 191 fallecidos en la masacre.
6. La Audiencia ha absuelto a Rabei Osman El Sayed, «Mohamed El Egipcio», a quien la Fiscalía y el resto de las acusaciones consideraban uno de los instigadores intelectuales del 11-M, y ha condenado a más de 40.000 años de prisión a Jamal Zougam y Otman El Gnaoui como autores materiales.
Zougam y El Gnaoui han sido considerados culpables de 191 asesinatos y dos abortos, de 1.856 asesinatos en grado de tentativa y de cuatro delitos de estragos terroristas, mientras que el español José Emilio Suárez Trashorras, a quien también se condena por los hechos de Leganés, ha recibido una pena algo inferior, de casi 35.000 años al aplicársele la atenuante de «anomalía psíquica». Otros siete acusados -Antonio Toro, Carmen Toro, Emilio Llano, Mohamed Moussante, Javier González Díaz e Iván Granados, además de Brahim Moussaten, que fue exculpado en pleno juicio- han sido absueltos.