Uno de los aspectos de mayor interés científico de los yacimientos de Becerreá consiste en la presencia de una gran cantidad de fósiles de animales de pequeño tamaño -roedores, anfibios, reptiles escamosos y murciélagos-, especialmente abundantes en la cueva. Estos restos confieren un especial valor a los yacimientos prehistóricos, ya que son muy útiles para reconstruir las condiciones climáticas y medioambientales del pasado. En este sentido, Manuel Vaquero no duda en calificar de «excepcional» el depósito de microfauna descubierto en la gruta y señala que es difícil que se registre tal abundancia de muestras de este tipo en los yacimientos no ya solo de Galicia sino de cualquier otra área geográfica. Los investigadores esperan que la nueva campaña de excavaciones siga proporcionando fósiles de esta clase. Hasta ahora se han catalogado en la cueva los restos de 247 ejemplares de animales pertecientes a 34 especies diferentes.