Las tropas del general inglés John Moore entraron en Lugo el 5 de enero de 1809 y se marchan en retirada hacia A Coruña el día 8 después de librar una batalla con los franceses en Conturiz. Las tropas napoleónicas entran en la capital lucense el día 9. Los franceses nombran alcalde de la ciudad a José Saavedra.
El 20 de marzo de 1809 el general François Fournier-Sarlovese, que estaba al mando de la plaza, intentó mediante un requerimiento que los empleados del Ayuntamiento volviesen a desempeñar sus funciones en el plazo de ocho días y que hiciesen lo mismo algunas de las personas distinguidas de la ciudad que habían escapado.
Permanecieron el obispo y el Cabildo, que fueron arrestados en el palacio episcopal por orden del mariscal Ney desde el 16 al 19 de abril después de imponerles una contribución de 1.200.000 reales. Los días 18, 19 y 20 hicieron el inventario de la plata de la catedral, que pesó 2.425 marcos, 1 onza y 2 ochavas, algo más de media tonelada, que fue fundida en lingotes, y que el 10 de septiembre de 1816, se valoró en 620.840 reales de vellón.
Marqués de la Romana
El mariscal Ney salió hacia Oviedo persiguiendo al marqués de la Romana. Dejó como gobernador de la plaza al general François Fournier-Sarlovese, con unos 3.000 hombres. Las tropas gallegas aprovecharon la circunstancia y el 18 de mayo una división al mando del general Nicolás Mahy, persigue y ataca a los franceses desde Meira. El jefe de la vanguardia, Gabriel de Mendizabal, encontró a poca distancia de la ciudad a una columna de 1.500 franceses que obligó a refugiarse en el interior.
Al día siguiente salió Fournier con sus tropas en dos columnas. Detrás de la caballería colocaron las mulas de carga sobre las que montaron soldados distribuidos de manera que pareciese gran número de caballería.
Se entró en acción y se embarulló tanto el combate que grupos de jinetes atropellaron y desarmaron a la infantería francesa, entrando en tropel en la ciudad y en medio de ellos algunos catalanes que formaban parte del ejército de Mahy, que consiguieron escapar protegidos por los vecinos de las casas adosadas a la muralla, lo que provocó que fuesen incendiadas el día 21.
Mahy intimó a la plaza a que se rindiese pero Fournier se opuso, en vista de lo cual decidió sitiarla, estableciendo su cuartel general en las Gándaras de Piñeiro. El día 19 de mayo y en los dos días siguientes, hubo varias escaramuzas, pero las tropas españolas tuvieron que abandonar al enterarse de la llegada de Soult procedente de Portugal.
El mariscal esperó a Ney que venía de Asturias y acordaron que Soult dispersase las tropas del marqués de la Romana y que el mariscal Ney tomase Tui y Vigo.
El final
Ney, viéndose solo en Galicia, cercado y perseguido, abandonó la ciudad el día 25 de junio por el camino real de A Coruña. Antes volaron el arco mayor del puente. Ese mismo día celebró sesión la Junta local dando lectura a una carta del Ayuntamiento de Lugo comunicando que por haber cambiado las circunstancias era necesario pensar en el sosiego y tranquilidad de todos los habitantes que habían vivido cinco meses de constante angustia.
En una ciudad de unos 2.500 habitantes habían estado más de 60.000 hombres y varios miles de caballos, por lo que era un basurero. El alcalde recomienda al Cabildo que con su ejemplo sirviese de estímulo a los demás ciudadanos para iniciar la gran tarea de limpieza para evitar una epidemia. Después seguiría la reconstrucción de la ciudad.