La operación Galgo se suma a la lista de las principales intervenciones desarrolladas en España contra el dopaje. El 23 de mayo del 2006, antes de la entrada en vigor de la ley antidopaje, tuvo lugar la operación Puerto, la mayor redada en la historia española contra esta lacra. La Guardia Civil descubrió en Madrid un laboratorio con grandes cantidades de bolsas de sangre almacenada y aparatos de análisis. Entro otros, fueron detenidos Eufemiano Fuentes, entonces director deportivo del equipo ciclista Liberty Seguros, Manuel Saiz, e Ignacio Labarta, director del equipo Comunidad Valenciana. Apenas cuatro ciclistas fueron sancionados en sus respectivos países: Ivan Basso, Michele Scarponi y Giampaolo Caruso en Italia, y Jörg Jaksche en Alemania.
La causa fue archivada en marzo del 2007 por no existir delito contra la salud pública y concluir el juez que el dopaje no estaba tipificado como delito. Sin embargo, en enero del 2009 la Audiencia Provincial de Madrid ordenó la reapertura del sumario al entender que sí había indicios de delito. La Fiscalía del Comité Olímpico Italiano (CONI) inició un proceso contra Valverde por su presunta implicación en el caso, y el 11 de mayo del 2009 le impuso una sanción cautelar de dos años para participar en competiciones que se celebrasen en Italia. En marzo de 2010, el Tribunal de Arbitraje Deportivo (TAS) confirmó la pena del CONI y le impuso dos años de sanción.