Dentro del retrato hay que destacar los numerosos de Alfonso XIII, así como el de la duquesa de Lerma y el de su propia esposa, considerado el mejor de los realizados, y uno del General Franco en el que aparece montado, con uniforme militar, en un caballo blanco sobre el fondo de las ruinas del alcázar de Toledo. Esto aparte su propio autorretrato. Sotomayor no sólo formará escuela sino que tiene una inmediata secuencia filial: tres de sus hijas (Carmen, Josefa y Rosario) continuarán su obra y estilo. Durante la Guerra Civil española, fue nombrado alcalde de A Coruña, desempeñando el cargo de agosto de 1938 a marzo de 1939. Finalizada la contienda se trasladó a Madrid y ocupó de nuevo la dirección del Museo del Prado. En febrero de 1946 recibió el título de hijo adoptivo de A Coruña y fue objeto de un homenaje. En 1953 era nombrado director de la Academia de Bellas Artes de San Fernando. Falleció en Madrid el 17 de marzo de 1960. En A Coruña se puso su nombre a la plaza frente a la que se alza el Museo y la Academia de Bellas Artes, en el antiguo edificio del Real Consulado.