Finalizada la contienda bélica, el general Yagüe fue nombrado ministro del Aire, a pesar de lo cual siguió mostrando su talante crítico. Creía, asimismo, que Franco debía dejar el poder político y que si no aceptaba había que obligarle, de forma incruenta, claro. Enterado de ello, el Caudillo le envió confinado 29 meses a su pueblo natal, San Leonardo (Soria). Finalizada su sanción, fue nombrado comandante general de Melilla y, ascendido más tarde al grado superior (teniente general), marchó a la Capitanía General de Burgos. Allí, en 1945, nació su citado hijo Juan. Pero años antes de morir, pronunció otro discurso representativo de su carácter. Fue en marzo de 1950 y aludió a los «trepadores» del nuevo régimen: «Hombres incultos, ineducados, sin más bagaje que su habilidad para comprar conciencias, se enriquecen rápidamente y hacen alarde de su desvergüenza; otros son encumbrados a puestos distinguidos, sin que nadie sepa cuál es la mano negra que los eleva y los mantiene; otros, sin méritos de ninguna clase, ocupan cargos para los que no están preparados». Yagüe falleció en Burgos el 22 de octubre de 1952. Murió pobre, dejando a su familia el ejemplo de su vida. Las gentes de la provincia de Soria comenzaron a llamar a su pueblo natal San Leonardo de Yagüe, antes de que se oficializara tal denominación.