El 30 de marzo, al ocupar Valencia las tropas nacionales, José Aranguren fue hecho prisionero y conducido más tarde a una prisión militar en Madrid. Pudo huir del puerto levantino si hubiese querido, como hicieron otros jefes políticos o militares, pero declinó hacerlo, pues, según dijo a sus íntimos, «tenía la conciencia tranquila y estaba limpio de delitos de sangre». Ironía El 2 de diciembre de 1939 fue trasladado a Barcelona. Juzgado en consejo de guerra sumarísimo, fue condenado a muerte, siendo ejecutado dos meses después, el 8 de febrero de 1940, en los sótanos del castillo de Montjuich. En estos dramáticos momentos, Aranguren hizo gala de su ironía gallega y, tras confesar y comulgar con gran fervor, le dijo a sus ejecutores: «A mí sólo me quitáis dos o tres años de vida, pero a éste (refiriéndose a su compañero de paredón) le quitáis por lo menos treinta». Aranguren quedó para la historia como ejemplo del militar que mantiene su fidelidad al Gobierno lealmente constituido, a pesar de que, por su ideología católica y conservadora, no estuviese de acuerdo con él.