Tanto José Luis Rodríguez Zapatero como Mercedes Cabrera justificaron, de alguna manera, que los resultados de PISA 2006 no fueran tan brillantes como se desearía por el retraso histórico arrastrado por España hasta las últimas generaciones. El presidente del Gobierno sostuvo que los datos evidencian que el sistema educativo español «no ofrece un mal rendimiento», aunque adujo que el problema de no obtener mejores puntuaciones radica en que «muchas generaciones en España han tenido un bajo rendimiento educativo fruto del país que había». La ministra de Educación y Ciencia compartió idéntico argumento al señalar que «el sistema educativo español goza de bastante buena salud teniendo en cuenta los índices educativos de los padres. Es un retraso histórico de la sociedad, del país, respecto a la OCDE».
Desde la oposición, la secretaria de Política Social del PP, Ana Pastor, replicó: «Cuando hable de retraso, piense en el Partido Socialista, piense en su política educativa. La Logse es un sistema fracasado». En su opinión, el informe le dice a Rodríguez Zapatero que «se ha equivocado radicalmente».
Entre las asociaciones de padres, la Ceapa pidió «más recursos para la escuela pública»; mientras que Confapa señaló la «urgente la necesidad de atajar el fracaso escolar».
ANPE, el sindicato de profesores, pidió que se destinen más recursos a la educación, y que se establezcan medidas «para dignificar la labor docente». UGT advirtió que el informe no puede convertirse en «motor de cambio» de las políticas educativas, pues es una «simple foto instantánea». El sindicato STEG aseguró que no se pueden comparar resultados sin comparar también la realidad social.