Un año y medio después del devastador incendio, el 4 de octubre de 1996, la iglesia conventual de San Francisco había recuperado su esplendor. Su reapertura coincidió con la festividad del fundador de la orden de sus moradores y la ceremonia estuvo presidida por el ex presidente de la Xunta, Manuel Fraga. En el claustro está la placa conmemorativa de la efemérides. Aquel siniestro puso al descubierto la falta de medidas de seguridad en el templo, que carecía de unos simples extintores, situación que se solventó en la rehabilitación con la instalación de un sistema contra incendios.
Pero no era solo San Francisco o Santa María, donde se había desplomado la bóveda. La seguridad de otros edificios emblemáticos estaba en entredicho y el Concello y la Diputación decidieron contratar un plan integral de protección de los principales edificios nobles, iglesias y monumentos más representativos de la ciudad, con vistas a establecer medidas preventivas de actuación por parte de sus propietarios públicos o privados. El chequeo fue encomendado a la Fundación Mapfre y dio como resultado un aceptable grado de conservación, al tiempo que se instaba a hacer inversiones para subsanar los puntos débiles de cada inmueble a las instituciones competentes.