Producido el alzamiento militar en A Coruña, Villaverde rechazó esconderse en la casa de un médico amigo (Víctor Fernández) y volvió a su trabajo. Allí fue detenido en agosto por las brigadas represoras, que lo enviaron a la cárcel. A mitad de septiembre, y por medio del profesor jonsista ferrolano Santiago Montero Díaz, amigo de la familia, se supo que los falangistas querían que Villaverde abjurase de sus ideales cenetistas y se pasase, con un alto cargo, a la recién creada Central Obrera Nacional Sindicalista. Sería un golpe de efecto para sus antiguos compañeros y la prueba de que los obreros nada tenían que temer del nuevo régimen fascista. El intermediario parece que fue el jefe falangista coruñés Raúl Boo, al que Villaverde le dijo: «He vivido cenetista y moriré siéndolo». También se pondrá en su boca otra frase edificante: «Ustedes no me quieren matar de un tiro, quieren matarme moralmente». Ante su firme negativa, Villaverde fue sacado de la cárcel de la Torre por las brigadas represoras en la noche del 24 de septiembre de 1936 y en la amanecida del día siguiente apareció su cadáver, con la cabeza machacada, en la playa de Sabón (Arteixo). Antepueso la conciencia a la conveniencia. Moría el hombre y comenzaba la leyenda.