La protección de Illas Atlánticas se inició en 1980 con la declaración de Cíes como Parque Natural. En 1988 este archipiélago también fue declarado ZEPA (Zona de Especial Protección para las Aves), al igual que Ons en el 2001. La Xunta aprobó en 1999 el Plan de Ordenación de los Recursos Naturales de las Illas Atlánticas (Decreto 274/1999, de 21 de octubre). Este plan se amplió en marzo del 2002 a la isla de Cortegada y su entorno. Los primeros estudios incluyeron entonces las islas Sisargas y Lobeiras y otros espacios costeros, si bien finalmente sólo se integraron en el parque Cíes, Ons, Sálvora y Cortegada, en el marco de la ley 15/2002, de 1 de julio. Uno de los mayores problemas al que se enfrenta el parque son los efectos del pisoteo. Sólo en el año 2003, Cíes recibió 116.954 visitantes y Ons 53.887. El plan de gestión podría introducir importantes limitaciones a la hora de ordenar los usos de los archipiélagos y marcar claramente zonas diferenciadas a fin de preservar determinadas especies vegetales, como la Coremia album o la Armenia pungens. Otro de los problemas planteados afecta a la protección de los ecosistemas marinos, afectados por problemas de sobreexplotación y de contaminación por residuos de petróleo.