Para optar al puesto de rector, puede presentarse cualquier catedrático siempre que tenga apoyos. Cuando el 22 de diciembre de 2009 Alternativa Universitaria decidió que su candidato a rector sería Salustiano Mato por integrador, surgía un paisaje electoral con dos candidatos de dos agrupaciones y los dos del BNG. Fue conocerse la elección de Mato, y a las pocas horas se conocía un largo texto que fue publicado en el perfil del catedrático Juan Carlos Mejuto, ex decano de la Facultad de Ciencias de Ourense.
En ese discurso que se pudo leer en el perfil de este catedrático, Mejuto decía, entre otras ideas, que para caminar hacia el futuro «é polo que me presento aquí para solicita-lo voso apoio para dirixir esta universidade durante os próximos catro anos» y añadía: «Un cuatrienio que se me plantexa como un novo reto na miña carreira onde á fronte do decanato da Facultade de Ciencias de Ourense acho que teño demostrado unha sobrada capacidade de xestión, con traballo diario, con capacidade para tomar decisións fáciles e difíciles, populares e impopulares, sabendo admitir a crítica que conlevan estas responsabilidades, pero sen sometemento». En ese discurso de intenciones, Mejuto exponía: «Espero que co voso apoio poida apaixonarme e apaixonarvos nun traballo común, de todos, posto que a todos nos concierne, e para todos, porque é a comunidade universitaria o recipiendario da nosa propia xestión...».
Desaparición
Este discurso estaba colgado el 23 de diciembre de 2009, miércoles y desapareció pocos días después. Preguntado Mejuto acerca de ese texto y su presunta intención de optar al rectorado, lo negó todo. «Yo no escribí eso», señaló, y al decirle que era un texto en gallego, respondió: «Yo no escribo en gallego, no soy nazonalista». En el gallego del discurso colgado en su perfil hay señales claras de que lo redactó un gallego que se expresa en castellano. Hasta negó que tuviese perfil en Internet. «¿Tú crees que yo iba a tener apoyos siendo yo quien cerró la titulación de Física?», preguntaba, añadiendo: «Ahora tenemos que elegir entre un candidato del Bloque y otro candidato del Bloque», dijo este profesor más cercano al PSOE. Los comentarios andaban ya por el campus. «¿Tendrá apoyos?», decían unos. «Querrá un vicerrectorado», apuntaban otros compañeros. «Mejuto se está haciendo querer», señaló un profesor dando a entender que en febrero puede reaccionar. Y es que en la Facultad de Ciencias ya conocen a este brillante investigador, catedrático desde hace pocos meses y, eso sí, persona con excentricidades como la de ir al trabajo con falda escocesa o asistir, en plena tensión por la eliminación de Física, como alumno a clases de dos profesores de esa titulación, a los que después pidió disculpas. Al despedirse como decano, en junio del 2009, dedicó un improperio a la junta de facultad. Triunfó en Youtube opinando sobre el Plan Bolonia en unas jornadas universitarias, con una oratoria demasiado coloquial para un foro académico.
Y siendo decano, a principios de 2007, colgó en la web de la Facultad una carta abierta en la que decía: «Desde el punto de vista de un profesor que lleva cuatro años al servicio de su Facultad como decano creo sencillamente que he fracasado, no he sabido solucionar y lo único que he conseguido es dejar amigos en el camino y ganarme enemigos innecesariamente». Por eso, escribió, «presento mi renuncia irrevocable como decano». No se fue hasta junio de 2009.