Una de las decisiones fundamentales que debería dilucidar el futuro Sistema Nacional de Respuesta es quién debe ser la autoridad máxima de coordinación en caso de un accidente como el del Prestige . En el actual protocolo, el principal responsable es el director general de la Marina Mercante, pero los expertos de la univerisidad que analizaron el plan concluyeron que el rango de este cargo «es manifiestamente insuficiente», precisamente por los múltiples departamentos de la Administración que están llamados a participar en una crisis de estas dimensiones.
De ahí que propongan la elevación del grado jerárquico del mando cuando se active el Plan Nacional de Contingencias y que permita activar medidas de protección civil, en un Estado profundamente descentralizado que obliga a establecer mecanismos de coordinación efectivos. De hecho, durante el Prestige , fue necesario crear una comisión interministerial para solventar las carencias del Plan en este aspecto.