En noviembre del 2008, la entonces conselleira Ánxela Bugallo comparecía en el Parlamento de Galicia para exponer las actuaciones realizadas por su departamento en materia de arqueología subacuática. En aquella exposición, la conselleira nacionalista explicó que su consellería estaba trabajando en la proyección de un nuevo espacio especializado, el Centro de Arqueoloxía Subacuática. Afirmó entonces que estaría ubicado en el Museo do Mar, y se encargaría de coordinar todos los trabajos relacionados con la arqueología subacuática en Galicia.
De hecho, a lo largo del año siguiente, el centro ubicado en la parroquia de Alcabre, comenzó a recibir algunas piezas halladas en diferentes exploraciones subacuáticas realizadas en toda Galicia. La localización de un pecio, del siglo XVI en la Mariña lucense proporcionó diferentes piezas a este museo que, desde entonces están guardas en los almacenes del museo.