Las razones aducidas por Flysur Aerolíneas de Andalucía para dejar de operar se basan en las condiciones del aeropuerto de Córdoba. Según comunicó la compañía, inició conversaciones en marzo del 2007 (no empezaría a volar hasta septiembre de este año) con Aeropuertos Españoles y Navegación Aérea (Aena) para que esta empresa pública acondicionase el aeródromo. Muchos vuelos, sin embargo, tuvieron que ser desviados a Sevilla. La empresa Taer Andalus, responsabiliza a la empresa pública de la falta de instalaciones adecuadas en Córdoba.
Pero Aena niega que haya habido falta de apoyos y responsabiliza a la compañía de su decisión. Taer Andalus aún no ha dicho que el cierre sea definitivo, sino que se mantendrá en contacto con las instituciones y administraciones para garantizar las operaciones a medio y largo plazos.