Hay trasplantes especialmente complicados. Son los raros, como los de intestino, o los múltiples. En el caso de los primeros solo unos pocos hospitales los llevan a cabo en España, sobre todo en Madrid y Barcelona. El motivo es que hay tan pocos al año que no compensa enseñar a un equipo en cada centro hospitalario. Por ejemplo, el Canalejo coruñés es un centro de referencia en trasplante cardíaco infantil, páncreas -un órgano muy delicado y difícil de manejar- y pulmón. En corazón e hígado no hay centros de referencia porque se hacen en casi todos los hospitales españoles.
Otros trasplantes muy raros son los multiviscerales. Suelen estar vinculados al de intestino y a niños. En el 2004 se realizó en Miami uno de ocho órganos: hígado, estómago, páncreas, intestinos, bazo y ambos riñones.
En España fue en el 2006 cuando se consiguió el récord nacional: el trasplante de seis órganos a una niña de año y medio (en la foto, su madre y el médico explicando la operación). En el 2003 se había hecho uno similar, pero con cinco órganos.