El caso del Cougar ha estado desde el principio plagado de dudas. El titular del Juzgado Togado Militar Territorial número 11 archivó la causa en junio del 2008, al descartar un ataque y señalar que «se trató de un accidente» fruto de una serie de circunstancias «imposibles de determinar», tal y como señala el informe de Defensa del 2005.
Este indica que el helicóptero volaba a baja altura -aunque no aclara el motivo-, que las condiciones meteorológicas y orográficas eran adversas y que posiblemente hubo algún error humano. El caso fue reabierto en septiembre de ese año después de un recurso de las familias, que no tuvieron acceso al sumario hasta una vez que fue archivado, y en el que se encontraron una serie de errores, como que en él se confunden los dos helicópteros, hay informes y documentos que no se sabe quién respalda porque están sin firmar, e incluso escriben mal los nombres de los soldados. Por si eso fuera poco, una sorprendente declaración llegó en marzo, cuando quien aparece como autor del atestado asegura que no participó en su confección.
A todo esto se suma que el siniestro fue reivindicado por un líder talibán al que nadie hizo caso alguno, y a que no se pidió la declaración de los únicos testigos del suceso: cuatro jóvenes afganos que estaban en el lugar.