El moderador dará inicio a los debates a las 22.07 horas y se prolongarán hasta las 23.45, con un corte publicitario de cinco minutos. Comenzarán con un bloque inicial de tres minutos para cada candidato, que se repetirán al cierre. En medio, la confrontación de posturas sobre cinco bloques temáticos: economía y empleo, políticas sociales, política exterior y seguridad, política institucional y retos de futuro. Los tiempos serán controlados por un equipo de la Federación Española de Baloncesto y de la ACB.
Los dos candidatos llegarán por separado (primero Rajoy y diez minutos después, Zapatero) a la sede del recinto ferial de Ifema, donde se celebrará el primer debate, y al palacio de congresos Juan Carlos I de Madrid, el segundo.
Los protagonistas del debate se sentarán ante una mesa rectangular, a cuyo centro se situará el moderador, Zapatero a la izquierda y Rajoy a la derecha. La mesa, de color crema, ocupará el centro de un plató circular de 12 metros de ancho por 14 de fondo, en el que predomina el color gris metalizado, combinado con anagramas de la Moncloa y el lema «Debates 2008».