Bonxe dispone de 350 celdas individuales y su población actual es de 470 reclusos, por lo que en algunos casos los presos están obligados a compartir habitáculo, aunque la mayoría de ellos disponen de una celda para ellos solos. Esta situación podría explicarse porque una buena parte de los presos que computan en Bonxe se encuentran disfrutando del tercer grado y están fuera, sometidos a control telemático. Otros disfrutan de un régimen semiabierto que les permite salir a trabajar todos los días.
La prisión, según fuentes consultadas, pasó momentos de mayor masificación que el actual, sobre todo hace algo más de un lustro. Fueron unos años en los que hubo mayor conflictividad entre reclusos, frenada con la oferta de acciones formativas, que mantiene ocupados a los presos.