Aquí las disputas ya no son solo del orbe religioso, sino que entran en juego las familias nobles. En abril de 1505, el papa Julio II emite una bula a favor de Fernando de Deza, para que su familiar Pedro de Ben, arcediano de Santiago, asuma las rentas de la iglesia de San Esteban de Sías. Este ordena a un clérigo de Baiona que tome posesión de las islas, pero estas estaban en manos del racionero de la colegiata de Vigo, que las arrendaba a un tal Cristóbal Zapata. En 1510, el arcediano de Santiago arrienda las Cíes al vigués Zapata, a cambio de 1.000 maravedíes al año.
De aquí en adelante, los litigios se suceden, ya siempre administrados por la diócesis de Tui, que es la que ha tenido siempre la jurisdicción de las Cíes, desde el siglo XIV hasta la actualidad. Se equivocan quienes sostienen, todavía hoy, que dependan eclesiásticamente de Cangas. No es cierto. Aunque se dice que hay un escrito que autoriza a los clérigos cangueses a oficiar en Cíes. Y no faltan tampoco argumentos históricos, en medio de este totum revolutum. Pero en la actualidad es indiscutible: si son de Vigo, son de la diócesis de Tui. Y algunos argumentos pecan de historicistas cuando se comparan los actuales municipios con instituciones de la Edad Media que no tienen equiparación en la actualidad.