El arqueólogo Hidalgo Cuñarro inició su relación con el museo en 1982, como responsable del departamento de Arqueología. Diez años después, fue nombrado director, cargo que ocupó hasta el 11 de octubre de 1999. Una semana después de su cese, el ahora acusado presentó una alegación para que se le restituyese la plaza de arqueólogo municipal responsable del departamento de Prehistoria. El Gobierno local trasladó a Cuñarro al puesto de arqueólogo municipal como funcionario con la plaza en propiedad en el departamento de Patrimonio Histórico del Concello. Cuñarro fue uno de los primeros teóricos de la Arqueología que sospechó que el antiguo Vigo romano, del siglo I al V era mayor de lo que inicialmente se pensaba. Los recientes hallazgos arqueológicos demostraron que, efectivamente, el núcleo habitado por los romanos se extendía más allá del Casco Vello y llegaba hasta Torrecedeira y Beiramar. El ex director también se ha alineado con los investigadores que descartan que el Vigo antiguo se corresponda con Vicus Spacorum, como hasta hace poco sostenían los folletos turísticos del Concello. Su tesis defiende que Vigo se denominaba Vicus Heleni o poblado de la tribu heleni. También ha destacado por sus investigaciones sobre los yacimientos rupestres gallegos y dirigió las excavaciones en el castro ponteareano de Troña. La etapa de oro de Cuñarro coincidió con el mandato de la concejala popular de Cultura, Maite Fernández, que lo nombró director de todo el museo. Tras el cambio de gobierno, el arqueólogo cayó en desgracia.