Bill Gates aseguró que la muerte de Allen le rompe el corazón por tratarse de uno de sus amigos más antiguos y queridos, «un verdadero compañero». «Se merecía tener mucho más tiempo -señaló Gates-. Lo echaré muchísimo de menos».
Como Gates, Allen también dedicó parte de su fortuna a proyectos filantrópicos a través de su organización caritativa, Paul G. Allen Family Foundations. Realizó cuantiosas donaciones a distintos proyectos benéficos, participó con grandes sumas en el desarrollo inmobiliario de Seattle, fue conservacionista, músico y defensor de las artes. En el ámbito de la salud, invirtió 100 millones de dólares para fundar el Allen Institute for Brain Science en el 2003. Una década más tarde, fundó el Allen Institute for Artificial Intelligence, para estudiar el impacto de nuevas tecnologías en la sociedad, y el Allen Institute for Cell Science, para financiar la investigación para el tratamiento de enfermedades.