Además de los cinco niveles arqueológicos que pudieron ser datados con métodos radiométricos, en Cova Eirós se ha localizado un sexto nivel mucho más difícil de identificar. Este depósito apareció en un talud situado en la zona de la entrada, donde empieza la fuerte pendiente que se abre ante la cueva. En él aparecieron mezcladas muestras de industrias del Paleolítico Medio y del Paleolítico Inferior, que debieron ser fabricadas en épocas separadas por decenas de miles de años. En esta zona se hallaron también fósiles animales que corresponden igualmente a períodos muy distintos, por lo que se deduce de su diferente grado de conservación.
Los investigadores piensan que esta confusión cronológica se debe a que este depósito -a diferencia de los del interior de la cueva- está situado en una zona mucho más expuesta a la inclemencias meterológicas y a la erosión, por lo que su proceso de sedimentación ha sido más irregular. Este nivel no fue datado con las técnicas del carbono 14 o de la termoluminiscencia, ya que los arqueólogos creen que no permitirá distinguir claramente las diferentes etapas que pueden estar representadas en él.