Bilbao tiene dos viajes diarios a Madrid que permiten realizar el tramo final en AVE, aunque para ello es necesario llegar a Zaragoza por Miranda de Ebro y por Logroño. Aunque el desplazamiento suponga una amplia maniobra, la duración de ambos viajes es de seis horas y 40 minutos, prácticamente lo mismo que se tarda desde Lugo en algunos casos. Los viajeros que llegan a la capital aragonesa deben esperar algo más de media hora hasta tomar el AVE procedente de Cataluña.
Esa misma opción también está disponible desde San Sebastián dos veces al día, con un viaje a Zaragoza por Pamplona, no por Logroño. Incluyendo algo más de media hora de espera en la estación aragonesa para tomar el AVE, el tiempo total del viaje a Madrid desde la capital guipuzcoana está por debajo de las seis horas -cinco horas y 42 minutos en un caso, cinco horas y 50 en otro-.