El hijo mayor del líder cubano fue sometido a un ostracismo de siete años hasta que en 1999 fue nombrado asesor en el Ministerio de la Industria Básica, cargo que compatibilizó con la divulgación científica como físico nuclear.
Fidel Castro Díaz-Balart viajó con frecuencia al extranjero y en los últimos años estuvo en Kazajistán (2015), donde visitó centros de desarrollo tecnológico y científico, y en Moscú (2016), para asistir a la Conferencia Mundial de la Asociación Internacional de Parques Tecnológicos.
Fue además autor de numerosos títulos centrados en su especialidad, como «Elementos y reflexiones en torno a la Política Científica Nacional» (1985); el ensayo «Nuclear Energy in the national economy of the Republic of Cuba» (1986); «Energía nuclear y desarrollo» (1990), o «El gran desafío del Tercer Milenio. Energía nuclear: peligro ambiental o solución para el futuro» (1997).
También participó en investigaciones internacionales sobre energía nuclear y en 2013 fue investido doctor honoris causa por la Universidad Estatal de Moscú, donde en su juventud se había especializado en Física Nuclear, con un nombre falso -José Raúl Fernández- con el fin de garantizar su seguridad.
De acuerdo con la tradición de la familia Castro de mantener su intimidad familiar alejada del foco público, existen pocos datos sobre su vida personal. Estuvo casado en primeras nupcias con la rusa Natasha Smirnova, con la que tuvo tres hijos (Mirta María, Fidel Antonio y José Raúl) y tras divorciarse de su primera esposa contrajo matrimonio con la cubana María Victoria Barreiro. Tenía, además, cinco hermanastros reconocidos: los hijos nacidos de la unión de Fidel Castro con Dalia Soto del Valle (Alexis, Alexander, Antonio, Alejandro y Ángel). A ellos se suma Alina Fernández Revuelta, hija ilegítima de la relación que tuvo Castro con Natalia Revuelta.