Su volver a empezar fue en Getafe, en un año difícil para los azulones que le costó el despido después de 32 partidos. Lo dejó con 28 puntos en la penúltima plaza y así terminó por descenderlo Juan Eduardo Esnáider, que en seis partidos sumó ocho puntos.
Su tercer proyecto, temporada 16/17, fue el Villarreal, y su debut no pudo ser más afortunado. El valenciano sucedió a Marcelino García Toral en plena pretemporada y bajo su batuta el submarino acabó quinto con 67 puntos después de ganar 19 partidos. Los amarillos estuvieron en puestos europeos a lo largo de toda la segunda vuelta.
