En principio, todas las investigaciones sobre el desastre de Fervenza se dirigieron hacia Ferroatlántica, propiedad del empresario madrileño Juan Miguel Villar Mir. La propia Xunta acusó a la empresa de llevar a cabo un vaciado masivo para realizar unos trabajos en el fondo del embalse.
Sin embargo, un auto del Juzgado de Instrucción número 2 de Corcubión ordenó al Seprona investigar la actuación de los organismos competentes de la Xunta para comprobar si fallaron en su papel de control en el caso del embalse de Fervenza, pues la Ley 8/1993 atribuye a Augas de Galicia la administración y control de los aprovechamientos hidráulicos en la comunidad gallega.
El 20 de noviembre, agentes del Seprona entraron en la sede de Augas de Galicia en Santiago para recabar información sobre la actuación de la Xunta en el caso, causando cierto malestar en los servicios jurídicos del Gobierno autónomo. Días después, el Seprona tomó declaración al director xeral de Augas de Galicia.