Al margen de la operación antipiratería de la UE, la crisis en Libia durante el pasado ejercicio hasta la caída del régimen del dictador Gadafi ha sido la misión internacional que más unidades locales ha sumado.
La colaboración duró siete meses, requirió tres fragatas y cerca de setecientos marinos.
Fue el 20 de marzo del 2011 cuando la F-104, tras abastecerse de víveres y munición en A Graña, zarpó del Arsenal hacia la zona de operaciones recién iniciado el conflicto en el país árabe. Estuvo tres meses en el dispositivo.
Fue relevada por la F-102, que estuvo también en la operación Unified Protector durante unas noventa jornadas. La Juan de Borbón, además de las tareas propias del embargo marítimo decretado, realizó una importante labor humanitaria que le valió la felicitación expresa de la OTAN. Dio asistencia a más de un centenar de inmigrantes que navegaban sin víveres y a la deriva, trasladando a los más graves a Malta en helicóptero y al resto a Túnez vía marítima.
La F-101 fue la última fragata que se desplazó al dispositivo. Y también la que menos tiempo permaneció en él. Fueron, en concreto, 34 jornadas de misión. Menos tiempo que las anteriores ya que la Alianza Atlántica dio por concluida la misión en esa franja.