Nadie habría pronunciado hace solo un año las siglas PCR en una conversación de cafetería. Ahora, casi nadie sería capaz de explicar en qué consiste exactamente la reacción en cadena de la polimerasa, pero esas tres letras mayúsculas forman parte de las charlas diarias en las familias, en los trabajos y hasta en los colegios. El 7 de marzo del 2020 se hicieron en Galicia 35 PCR en busca del coronavirus. Si hoy se mantiene el ritmo de los últimos días, serán 6.000. O sea, en nueve minutos se habrán hecho las mismas 35 que hace un año.

Y eso sin contar las que se procesan cada día en el laboratorio que más pruebas hace de Galicia, pues no figuran en las estadísticas oficiales. Son las 10.00 horas de un jueves en un habitáculo del Hospital Álvaro Cunqueiro donde se hace el pooling. «Hoy nos han avisado de que nos van a mandar 16.000 muestras. No es lo normal, suelen ser 12.000», aclara el microbiólogo Xurxo Cabrera. La pandemia ha hecho posibles muchas cosas impensables; que en los laboratorios se hable de estas cifras es una de ellas. En marzo del año pasado los hospitales corrían buscando maneras de incrementar su capacidad diagnóstica. Esto obligaba a tomar más muestras y a poder procesarlas. Para lo primero nacieron los covidautos. Para lo segundo, lentamente, los laboratorios fueron incorporando grandes máquinas. En Vigo hay un laboratorio en el Cunqueiro y otro en el Meixoeiro y entre ambos pueden llegar ahora a 4.000 pruebas en un día.

«Tardamos tres meses en hacer las casi 30.000 pruebas de las residencias la primera vez»

 Pero todo eso no era suficiente. «Tardamos tres meses en hacer las casi 30.000 pruebas de todas las residencias la primera vez», rememora Cabrera. Finalizaron en mayo. Ni había capacidad para recoger las muestras ni para procesarlas. El profesor universitario Jacobo Porteiro leyó publicaciones sobre la técnica pooling. La filosofía parece simple. Las muestras se agrupan de 20 en 20 para hacer una sola PCR. Si resulta negativa, entonces todas lo son; si resulta positiva, entonces hay que analizarlas individualmente.

El servicio de microbiología de Vigo la puso en marcha. Esta técnica permitía procesar todo más rápidamente, pero no solucionaba el problema de la toma de muestras. Por eso pasaron a la saliva. Validaron que la muestra de saliva era viable para encontrar el coronavirus, algo que no estaba claro. Esto elimina el primer paso, la toma de muestras por personal sanitario. Es lo que ha permitido que en mañanas como esta esperen 16.000 muestras.

El laboratorio del pooling es como la cadena de montaje de una industria. Todos los tubos que llegan al laboratorio se cargan en dos equipos preanalíticos. Los ordenan, les quitan el tapón y confirman que tienen la muestra depositada. Superada esta fase, se llevan a otros dos equipos -uno de ellos cedido por la Fundación Amancio Ortega- que son los que propiamente hacen el pooling.

Ahí se pueden insertar 960 tubos. Quedarán reducidos a 48. ¿Cómo? El robot introduce al mismo tiempo ocho puntas de plástico en sendos tubos. Las puntas absorben la muestra, se desplazan y la depositan en otros ocho tubos de destino. Luego las puntas se desechan. Después, la operación se repite. Los tubos de origen son diferentes, pero los de destino son los mismos. Así es como se agrupan hasta veinte muestras en un solo recipiente. La máquina también se ocupa de descartar las muestras inválidas -por ejemplo, si son muy viscosas- y de depositar exactamente la misma cantidad de cada una en el tubo de destino. Todo es automático.

Los 960 se han convertido en 48 tubos, a los que llaman pooles. Con ellos se hace la PCR en una máquina convencional. La gran mayoría son negativos. Pero Xurxo Cabrera señala un positivo. Entonces se separan todas las muestras y se analizan individualmente. Eran 19 negativas y una positiva. Como ha quedado rastro informático de todo, buscan lo que llaman la «mostra nai», la original. Al usuario se le citará para que acuda al covidauto y le harán la PCR con la muestra nasofaríngea convencional. En el pooling de Vigo la filosofía no es diagnosticar, es garantizar que un espacio o un colectivo está limpio del virus. «Nosotros lo utilizamos como sistema centinela», dice el microbiólogo. Cuando el sistema alerta, entonces se busca el diagnóstico.

«Ahora podemos hacer los 30.000 de las residencias en menos de una semana», resume. Entre muchas otras cosas. Esta mañana llegan muestras de varias, pero también de servicios sanitarios, de la Universidad y de las farmacias.

El gran reto ahora es secuenciar

El pooling es una de las armas del laboratorio que han venido para quedarse. Ya lleva más de 225.000 pruebas y 658 positivos. «Tenemos las máquinas y la metodología, pero puede usarse para otro diagnóstico», dice el jefe de servicio, Benito Regueiro. Su departamento ha hecho cientos de miles de PCR. Se reforzó con personal técnico, pero solo tiene un facultativo más que antes. A Regueiro ahora le preocupa el desarrollo de la secuenciación masiva. «Es importante que sea general y no para unos pocos hospitales». Secuenciar es otra dimensión. Ya no se trata de decir que en una muestra está el coronavirus, sino de revelar cómo es ese coronavirus. Es transcribir todo el libro de instrucciones del patógeno, su ARN, formado por un código de 30.000 letras. Este proceso es esencial para la vigilancia de nuevas variantes del virus.

Lo gestiona la microbióloga Sonia Pérez en el Meixoeiro. «Nos permite tener una información muy al detalle de qué está sucediendo. Una cosa es saber que hay variante inglesa, pero ¿con qué mutaciones?, ¿está cambiando? Si no secuencias no lo sabes». Es un proceso laborioso, lleno de minuciosos pasos. Los técnicos purifican las muestras y añaden reactivos, una y otra vez. Hay constantes controles de calidad y un sinfín de delicados procedimientos manuales. Todo está medido. No solo trabajan con dosificadores, a veces también con cronómetros. Unos segundos pueden desbaratar el material genético.

El objetivo final es depositar 20 microlitros de 16 muestras, que se procesan a la vez en una máquina. Al cabo de 20 horas se consiguen cientos de miles de bytes. Con herramientas de bioinformática, todo eso adquiere un sentido, que es la secuencia del virus. Al compararla con la original de Wuhan, aparecen las mutaciones.

Esto es el futuro. Averiguar si el virus muta es esencial para el control de la pandemia. Especialmente con la vacuna, pues algunas mutaciones pueden cuestionar su eficacia. El 7 de marzo del 2020 nadie se planteaba secuenciar el coronavirus en los hospitales. Había prisa por diagnosticar. Con esa prisa convertida en rutina, se empieza a secuenciar. Quién sabe qué será rutina el 7 de marzo del 2022.