Eso le dio bagaje para continuar la campaña siguiente, aunque dejó el cargo en la decimoquinta jornada tras obtener solo tres triunfos.
Regresó al banquillo del Villarreal siete partidos después y completó también el curso 2019-20.
Calleja sumó en Villarreal 131 partidos como entrenador, 18 de ellos en la Liga Europa, y llega a Vitoria “con el objetivo cambiar la dinámica del equipo y poder conseguir la permanencia en Primera División”, señaló el club alavés en un comunicado.