Ya en la campaña 2006-07, cerró su carrera como futbolista en el Levante UD. Además, Molina fue nueve veces internacional con España, debutando el 24 de abril de 1996 como jugador del combinado nacional, con el que viajó a la Eurocopa de Inglaterra 1996 y de Holanda 2000, así como al Mundial de Francia 1998. Como entrenador, ha trabajado en las ligas de España (Villarreal y Getafe B), Hong Kong (Kitchee Sports), India (Atlético Kolkata) y México (Atlético San Luis).