Su siguiente paso fue hacia Portugal para entrenar al Benfica, equipo al que entrenó hasta junio de 2009. En octubre de 2009, el Atlético de Madrid lo contrató en sustitución de Abel Resino y consiguió el título de la Liga Europa tras derrotar al Fulham (2-1). Al término de la temporada 2010-11 abandonó el conjunto colchonero y firmó por el Al-Ahli FC de Dubai, donde permaneció hasta 2013 para fichar por el Al-Ain FC también de Dubai, club al que entrenó durante seis meses.
Volvió a España para entrenar nuevamente al Getafe en enero de 2015, pero un mes después abandonó el cargo y en el verano de ese año fichó por el Watford inglés, recién ascendido a la Premier. Como jugador perteneció a las plantillas del Valencia, Real Madrid y Zaragoza.
