Imagen:Fernández muestra un ejemplar de «microarray»

Informática ideó un sistema que clasifica pacientes con cáncer desde muestras de ADN


La Escuela Superior de Ingeniería Informática de Ourense colabora con el Hospital Universitario de Salamanca y con la Fundación Biomédica del Complexo Hospitalario de Vigo para mejorar la clasificación de pacientes utilizando datos que provienen de unas fichas denominadas microarray. Estas permiten ver el estado de una célula desde el punto de vista genético. La técnica del microarray es novedosa, se hizo común hace unos cinco o seis años y permite obtener una fotografía a nivel genético de un paciente.

El director de este proyecto que ya se está desenvolviendo en el hospital salmantino, Florentino Fernández Rivero, explica que antes los análisis que se podían realizar a una persona «eran de sangre y ahí se podía ver cómo estaban algunas células y una determinada célula cancerígena se podía observar a través del microscopio. Sin embargo con esta técnica de los microarray es posible saber cómo está esa célula a nivel genético», dice.

Medición

Estos dispositivos, explica el ingeniero ourensano, permiten medir el valor de 22.000 genes y conocer si un gen está muy expresado o poco. «Hoy hay microarrays que en un solo experimento son capaces de medir la expresión de más de un millón de genes. En este campo se necesitan nuevos programas y técnicas capaces de analizar estos datos. Las técnicas clásicas de data minig y las de inteligencia artificial como redes neuronales no están preparadas para trabajar con un volumen de información masivo como este y por ello es muy difícil procesar este tipo de información».

Al microarray se le introduce ADN de la célula que se quiere analizar, de un determinado paciente. «En informática el array es como un tablero de ajedrez, tiene un montón de celdas pequeñitas y en cada una se va a medir la expresión de un gen, y se llama micro porque estamos trabajando con unas dimensiones muy pequeñas», explica Fernández.

El microarray es como un porta de microscopios. Esto lo lee un escáner de alta resolución que mide colores. «Los genes que metemos ahí hibridan con otros genes base que vienen en ese porta. Los base están teñidos de un color y los que hibridan se tiñen de otro y si hay tal hibridación se ve el nuevo color resultante, por ejemplo, de un gen verde y uno rojo. Si no hay hibridación está el color base que tenía el gen que se hallaba en ese huequecito. El escáner mira la intensidad cromática y es capaz de saber si el gen está mucho o poco expresado», explica Florentino.

La aplicación desarrollada en el campus se puede descargar en la web www.gene.cbr./g Permite clasificar pacientes con distintas enfermedades a partir de datos de microarrays de ADN. «El Hospital Universitario de Salamanca tenía un montón de microarrays sin forma de analizar toda esa información y no podían utilizar ningún programa o no se fiaban de los resultados de ciertos programas», señala el ingeniero.

Este proyecto lo prueban en Salamanca y, según Fernández, es un sistema de apoyo a la toma de decisiones médicas. En este trabajo participaron Daniel González, Reyes Pavón, Rosalía Laza y Eva Lorenzo Iglesias en el equipo de Florentino Fernández, además del profesor Fernando Díaz, de la Universidad de Valladolid; el Hospital Clínico de Salamanca y la Fundación Biomédica.

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