Los responsables de la catedral de Santiago descubrieron en el año 2005 un descuadre ente la contabilidad y la caja. Tras llevar a cabo una investigación interna, llegaron a la conclusió de que el dinero había sido sustraído. El cabildo decidió no denunciar y colocó una nueva cámara de vídeo en los alrededores de la caja fuerte. La cámara apareció rota dos días después. El cabildo decidió cambiar primero las llaves de la caja fuerte y, más tarde, la caja por otra más segura. La catedral no quiso denunciar el robo en aquel momento antes de realizar su auditoría. Este robo ha pasado a ser parte del actual sumario del hurto del Códice Calixtino.